En 1593 se cumplen diez años desde que Rodolfo II, emperador del Sacro Imperio Románico Germánico, decide trasladar su Corte de Viena a Praga. Presionado por las diferencias geopolíticas con los países vecinos y por los conflictos religiosos, el rey trata de vivir ajeno e intenta distraer su mente con la alquimia y el coleccionismo. En medio de una atmósfera opresiva se produce un hecho inesperado. Un soldado palatino aparece muerto en el túnel que el soberano bohemio ha mandado construir para que el río Moldava suministre agua a sus Jardines Reales. El emperador se vuelve paranoico ante la amenaza de un asesino suelto por los alrededores del castillo. Aparece un segundo cadáver, esta vez, el de una hermosa mujer que yace desnuda en lo más profundo de la gruta. Sobre uno de sus párpados se lee una frase: VARIUM ET MUTABILE. Impotente e inseguro, Rodolfo II ordena a su brillante maestresala, el joven Román Gudiel, que asuma la investigación asistido por su consejero Tadeáš Hájek. Mientras se analizan las escasas pistas, Román se enamora de una bella nodriza, Lucie Pravisa, que vive en la ribera del río. La corte se enrarece aún más ante la inquietante presencia de ciertos personajes como el artista Giuseppe Arcimboldo, el caballero español Diego de Mendoza, o el astuto alquimista inglés encarcelado Edward Kelly.